Zie ook Rb. Zutphen 4 maart 2011, ECLI:NL:RBZUT:2011:BP7067. Zie over de problematiek van vergunningvoorschriften die in strijd zijn met de wet ABRvS 24 januari 2007, ECLI:NL:RVS:2007:AZ6851, AB 2007, 198 m.nt. A.T. Marseille: een vergunningvoorschrift is alleen van rechtswege nietig als het voor een ieder op voorhand duidelijk is dat het niet aan de vergunning mocht worden verbonden.

De flora- en fauna-toestemming
Voordat de Wabo er was, moest de aanvrager van een kapvergunning, indien de kap schadelijk zou zijn voor beschermde flora of fauna, zelf zorgen voor een ontheffing op grond van het inmiddels vervallen art. 75 Flora- en faunawet. Onder de Wabo was een aparte ontheffing niet meer nodig; de toestemming kon 'aanhaken' bij de omgevingsvergunning. Op 1 januari 2017 heeft de Wet natuurbescherming de Flora- en faunawet vervangen. De regeling over het aanhaken is toen grotendeels hetzelfde gebleven. Op 1 januari 2024 is de Omgevingswet in werking getreden. De bepalingen over flora en fauna zijn toen weer verhuisd en staan sindsdien in het Besluit activiteiten leefomgeving (hierna: Bal), te weten in afdeling 11.2. Met name art. 11.37 Bal is van belang. Dit wordt hier echter niet verder behandeld.

Verschillen tussen de uniforme openbare voorbereidingsprocedure en de reguliere voorbereidingsprocedure
Op 1 januari 2024 is de Omgevingswet in werking getreden. Deze wet heeft onder meer tot doel vergunningverlening te versnellen. Anders dan voorheen zal daarom zelden meer sprake zijn van een besluit dat met de uniforme openbare voorbereidingsprocedure moet worden voorbereid. Bijna altijd zal de snellere reguliere voorbereidingsprocedure van toepassing zijn. In het schema op de volgende bladzijde zijn de belangrijkste verschillen tussen beide procedures weergegeven. De eerst zeven verschillen in het schema zijn ontleend aan L.M. Koenraad, De opmars van de uniforme openbare voorbereidingsprocedure: rechtsbescherming onder druk, Gemeentestem 2011, 64.