Strafrechtelijke handhaving
Op grond van art. 1a onder 3° Wet op de economische delicten (WED) waren overtredingen van voorschriften, gesteld bij of krachtens art. 2.2 en art. 2.3 aanhef en onder c van de Wabo, economische delicten. Nu is art. 1a onder 1° WED van toepassing. Hierin wordt verwezen naar overtredingen van voorschriften, gesteld bij of krachtens art. 5.1, eerste lid, aanhef en onder a, Omgevingswet voor zover het daarin opgenomen verbod (om zonder omgevingsvergunning een omgevingsplanactiviteit te verrichten) is gesteld met het oog op het waarborgen van (onder meer) het beschermen van het milieu. De natuur- en milieuwaarde van de houtopstand is in de gemeentelijke verordeningen bijna altijd een weigeringsgrond, dit betekent dat het verbod om zonder omgevingsvergunning een boom te vellen mede is gesteld met het oog op het waarborgen van het beschermen van het milieu. Het vellen van houtopstand zonder de vereiste omgevingsvergunning en het handelen in strijd met een voorschrift van een omgevingsvergunning voor de activiteit vellen is een misdrijf voor zover opzettelijk begaan. Dit volgt uit art. 2 lid 1 WED. Volgens art. 6 lid 1 onder 1° WED staat hierop een gevangenisstraf van ten hoogste zes jaren, taakstraf of geldboete van de vijfde categorie. In art. 23 lid 4 Wetboek van Strafrecht is bepaald dat een geldboete van de vijfde categorie maximaal € 103.000,-- bedraagt. Voor rechtspersonen kan de boete oplopen tot maximaal € 1.030.000,-- (art. 23 lid 7). Ook mogelijk is de oplegging van een bijkomende straf, bijvoorbeeld stillegging van de onderneming, of een maatregel, bijvoorbeeld verrichting van prestaties tot het goedmaken van een en ander.

Overgangsrecht
Als voor de inwerkingtreding van de Omgevingswet een aanvraag om een besluit tot het verlenen van een kapvergunning is ingediend, blijft het oude recht, met uitzondering van art. 3.9, derde lid, eerste zin, van de Wabo (de vergunning van rechtswege) van toepassing tot het besluit onherroepelijk wordt (art. 4.3 Invoeringswet Omgevingswet). Er kan geen vergunning van rechtswege meer ontstaan. Een kapvergunning die onder de Wabo is verleend en die onherroepelijk is, geldt als een omgevingsvergunning voor een omgevingsplanactiviteit als bedoeld in de Omgevingswet (art. 4.13 Invoeringswet Omgevingswet).

Gemeente in verzuim
De gemeente Amsterdam heeft haar bomenverordening (de Bomenverordening 2014) nog niet aangepast aan de Omgevingswet. In de verordening wordt nog verwezen naar de Boswet, die in 2017 is vervallen, en de Plantenziektenwet, die op 1 maart 2021 is vervallen.

Een voorbeeld van een complicatie wanneer een verordening niet aan de wet is aangepast
Bij inwerkingtreding van de Wabo op 1 januari 2010 waren veel gemeentelijke bomenverordeningen nog niet aan de Wabo aangepast. In die gevallen, was de gemeente, zo kan worden verdedigd, gebonden aan de bepalingen van de Wabo waar het gaat om de inwerkingtreding van de vergunning, ook al stond in de gemeentelijke verordening dat de vergunning pas na de bezwaarprocedure in werking treedt of, in geval van beroep, als op het beroep is beslist en geen verzoek tot voorlopige voorziening is gedaan (de standaardvoorwaarde van niet-gebruik). Volgens de Wabo was een dergelijke standaardvoorwaarde niet mogelijk: de vergunning trad in werking met ingang van de dag na afloop van de termijn voor het indienen van een bezwaarschrift (art. 6.1 lid 2 Wabo), tenzij de gemeente bepaalt dat de vergunning terstond na bekendmaking in werking treedt (art. 6.2 Wabo). Indien gedurende de termijn voor het indienen van een bezwaarschrift bij de bevoegde rechter een verzoek om voorlopige voorziening was gedaan en de vergunning niet terstond na bekendmaking in werking was getreden, trad de vergunning niet in werking voordat op dat verzoek is beslist (art. 6.1 lid 3 Wabo). Volgens vaste jurisprudentie van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State is een standaardvoorwaarde van niet-gebruik in een bomenverordening echter niet onverbindend. De gemeente moet zich zelfs daaraan houden. Zie ABRvS 8 augustus 2012, nr. 201111618/1/A2, ECLI:NL:RVS:2012:BX3904, r.o. 2.3.2 en ABRvS 30 juli 2014, nr. 201306835/1/A1, ECLI:NL:RVS:2014:2833.
Vermoedelijk zijn er geen gemeenten meer met een standaardvoorwaarde van niet-gebruik in de bomenverordening.